GENESISの最適化と並列化(理研・杉田)

分子動力学ソフトウェアGENESISを「富岳」で活用するために必要な機能の追加等を行う。量研機構の河野らと協力して、蛋白質・核酸等の効率的な構造探索を実現するアルゴリズムを導入する。また、名大篠田や京大高田らと協力して粗視化分子モデルSPICAとCafeMolをGENESISに導入し、「富岳」に対して最適化・並列化を行い、高速化を推進する。
富岳上でのGENESISを用いた全原子MD計算のパフォーマンス
Jung, Kobayashi, Kasahara, Tan, Kuroda, Minami, Ishiduki, Nishiki, Inoue, Ishikawa, Feig, Sugita: J. Comp. Chem. 42, 231-241 (2021).