粗視化モデルCafeMolのパラメタ最適化(京大・高田)

粗視化分子モデルCafeMolは、蛋白質・核酸の計算を行うために必要なアミノ酸・塩基・それらの相互作用などについてのパラメタが求められている。前年度のテスト計算の結果を踏まえて、分子・細胞レベルのシミュレーションに必要な細胞膜を構成する脂質分子および非特異的蛋白質・蛋白質相互作用の粗視化パラメタのさらなる改良を行い、より精度の高い分子動力学シミュレーションの実現に向けて研究を推進する。名大篠田や埼玉大松永と連携して、全原子シミュレーションの結果を参照とした機械学習による分子内・分子間相互作用の検証と最適化を試みる。
ヌクレオソームスタッキングの自由エネルギー検証