多剤排出トランスポータの分子動力学シミュレーション(東大・篠田)

実験データに基づき構築した大腸菌モデル膜に埋め込まれた多剤排出トランスポータ複合体の分子動力学シミュレーションを実行し、複合体を構成するタンパク質-タンパク質相互作用、タンパク質ー膜間相互作用や複合体のダイナミクスを解析する。また、大腸菌膜の物性に大きな影響を与える脂質であるカルジオリピンの力場を作成し、さらにリアルな大腸菌モデル膜を構築する。
細胞膜と外膜を持つ大腸菌膜に存在する多剤排出トランスポーターAcrA-AcrB-AcrZ-TolC複合体。膜は、大腸菌膜の主要な脂質8種類から構成されている。 (各脂質分子が色分けされて表示されている。)