国際会議・シンポジウム

Residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

Yuji Sugita

オンライン開催（ACS Spring 2022）
Multi-scale simulations of large biological systems on Fugaku

Yuji Sugita

オンライン開催（R-CCS symposium）
Changes in peptide stability by increasing protein-water interactions

Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham Dokainish, Hiraku Oshima and Yuji Sugita,

オンライン開催（The 4th R-CCS International Symposium ）
Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution

Yuji Sugita

オンライン開催（Prof. Sihyun Ham Memorial Symposium）
Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids

篠田渉

オンライン開催（Pacifichem2021）
Transport mechanisms of ions, peptides and proteins through the biological membrane

Akio Kitao

オンライン開催（Pacifichem2021）
How macromolecular crowding environments affect protein-ligand binding kinetics and thermodynamics

Yuji Sugita

オンライン開催（Pacifichem2021）
Molecular mechanisms for conformational changes and chemical reactions in the Ca2+-ATPase

Yuji Sugita

オンライン開催（Pacifichem2021）
Roles of hydration/dehydration for dissociation, association and stabilization of protein complexes

Akio Kitao

オンライン開催（Pacifichem2021）
Conformational dynamics and association of intrinsically disordered proteins (IDPs) using molecular dynamics simulations

Chan-Yao-Chong, M.

2nd Integrative Structural Biology Meeting (France, オンライン講演）
Parallel computing algorithms in molecular dynamics simulations for extremely large-scale biological systems

Yuji Sugita

オンライン開催（HITS Colloquium）
High Efficient Sampling of Proteins via Adaptive Multiscale Simulations

Akio Kitao

オンライン開催（Symposium on Computer Simulations and Cryo-ET/EM of Complex Biomolecular Systems）
Binding free energy calculation with dPaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran、Akio Kitao

オンライン開催（C2C Program Kick off symposium）
Observing biomolecules through a lens of computer simulation

Akio Kitao （Presenter: Duy Phuoc Tran）

オンライン開催（C2C Program Kick off symposium）
Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings

Yuji Sugita

オンライン開催（Polish-Korean Protein Folding Conference）
Procedures to obtain reliable free-energy profiles of conformational changes in membrane transporters

Yuji Sugita

オンライン開催（ACS Fall 2021）
Atomic mechanism of the complete association of intrinsically disordered peptide to protein

Duy Phuoc Tran、Akio Kitao

オンライン開催（XXXII IUPAP Conference on Computational Physics(ccp2021)）
Predicting the complex conformations of protein/intrinsically disordered peptide complexes using a method termed a/dPaCS-MD

Duy Phuoc Tran、Akio Kitao

オンライン開催（The Protein Society-35th Anniversary Symposium）
Simulated dissociation/association dynamics between proteins and other molecules

Akio Kitao

オンライン開催（TSRC WS「Protein Dynamics」）
Conformational flexibility and stability of SARS-CoV-2 spike protein in solution

Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research)

Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research), 2021年4月
Diverse nucleosome dynamics revealed by molecular dynamics simulations

Shoji Takada(Kyoto University)

International Webinar Multiscale Simulation & Mathematical Modelling of Complex Biological Systems, 2021年3月
Replica-exchange simulations on the conformational dynamics of spike protein on the surface of SARS-CoV-2

Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)

Molecular Basis of Proteinopathies, 2021年2月
Intrinsic Conformational Flexibility of SARS-CoV-2 Spike Protein Simulated on Fugaku

Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)

2021 R-CCS Symposium, 2021年2月
Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model

Wataru Shinoda(Nagoya University)

The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations, 2021年1月
Nucleosome and transcription factor dynamics

Shoji Takada(Kyoto University)

The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations, 2021年1月
Multi-scale MD simulations using GENESIS on Fugaku

Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)

The 1st Fugaku Bio-supercomputing Workshop on Cellular-scale Molecular Dynamics Simulations, 2021年1月
Integrative modeling of protein dynamics from experimental data and molecular dynamics simulations

Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)

第43会日本分子生物学会年会, 2020年12月
Integrative modeling of protein dynamics from single-molecule experiments and molecular dynamics simulations

Yasuhiro Matsunaga(Saitama University), Tomonori Ogane(Saitama University)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
Use of enhanced conformational sampling for the analysis of protein-ligand binding processes

Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research, RIKEN Center for Computational Science, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research)

Virtual Workshop “Biomolecular Interactions in Cellular Environments” in Telluride Science Research Center, 2020年8月

国内学会・シンポジウム

Modeling Protein Complexes by Integrated Approach

Kono, H.

第21回日本中性子科学会年会（口頭）（招待）
Catalytic enhancement of NSD2 following oncogenic mutations E1099K and T1150A is caused by increase in the auto-inhibitory loop dynamics

Kumar, A., Sato, K., Sakuraba, S., Ogata, K., Sengoku, T. and Kono, H.

第59回日本生物物理学会年会（口頭)
In situ Analysis of Protein Dynamics with All atom Cytoplasm Simulations

優乙石, Po-hung Wang , 杉田有治

第８回HPCIシステム利用研究課題成果報告会
細胞膜脂肪酸組成が大腸菌の Na+/H+ アンチポーター活性に与える影響

堀一将，篠田恵子，浜本晋，氏原哲朗，川崎寿，富田武郎，西山真

日本農芸化学会2022年度大会、京都（オンライン）
エンドツーエンドで微分可能なトラジェクトリ解析ツールの開発

松永康佑

第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 (口頭発表)
高速原子間力顕微鏡の探針形状推定法の開発

大嶋龍平, 大金智則, 松永康佑

第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 (口頭発表)
自由エネルギー摂動法によるVHH抗体配列の最適化

岡田一真, 小田奏一郎, 松永康佑

第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 (口頭発表)
分子動力学シミュレーションを活用したNanobody-抗原複合体のアンサンブルドッキング

山口皓平, 松永康佑

日本生物物理学会第77回年次大会 (口頭発表)
大腸菌膜に埋め込まれた多剤排出トランスポーターAcrA-AcrB-AcrZ-TolC 複合体のMDシミュレーション

篠田恵子

「富岳」成果創出加速プログラム　シンポジウム・研究交流会「富岳百景」
生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門

松永康佑

スパコンコロキウム第4回 (招待講演)
生体膜・脂質膜の分子シミュレーション

篠田渉

高分子計算機科学研究会
生体高分子自己集合系の分子シミュレーション

篠田渉

スーパーコンピュータワークショップ2021 「生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」
粗視化力場 pSPICA による抗菌ペプチドの細菌膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会
全原子分子動力学計算による PMMA の溶剤破壊の分子論

下岡稔，篠田渉，三宅大輝，原光生，河原聡平，眞弓皓一，藤本和士

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会
分子動力学法を用いたエタノール混合によるベシクル構造転移機構の解明

柴田果奈，真栄城正寿，渡慶次学，篠田渉

溶液化学研究会若手の会第1回冬季発表会
生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション

篠田渉

第16回　複雑生命系秩序懇談会
生体高分子集合系の分子シミュレーション

篠田渉

第16回複雑生命系秩序懇談会
生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション

篠田渉

第15回理研「バイオものづくり」シンポジウム
Computational approach to structural dynamics and functions of SMC proteins

Shoji Takada

第44回日本分子生物学会年会
B型肝炎ウイルスのカプシド含有エンベロープの分子モデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会
全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊の分子論

下岡稔、篠田渉、三宅大輝、原光生、藤本和士

第35回分子シミュレーション討論会
エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構

柴田果奈、真栄城正寿、渡慶次学、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会
分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明

川端一正、宮﨑裕介、篠田渉

第35回分子シミュレーション討論会
B型肝炎ウイルスのエンベロープのモデリングとシミュレーション

浦野諒、篠田渉

第59回日本生物物理学会年会
Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock

Kazuhiro Takemura, Akio Kitao （竹村和浩、北尾彰朗）

オンライン開催（第59回日本生物物理学会年会）
Coarse-grained molecular simulations on oligomerization and condensate formation of transcription factor Nanog

Azuki Mizutani, Shoji Takada

第59回日本生物物理学会年会
Molecular dynamics simulation of loop capturing during cohesin-mediated DNA loop extrusion mechanism

Chenyang Gu, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa, Giovanni Brandani

第59回日本生物物理学会年会
Computational approach to structures and dynamic functions of SMC proteins that organize genome folding

Shoji Takada

第59回日本生物物理学会年会
Development of Trajectory Analyzer for Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations

優乙石, 杉田有治

第59回生物物理学会年会
DNA bending enhances the dissociation of tetrameric p53’s coredomains

Duy Phuoc Tran、Akio Kitao（北尾彰朗）

オンライン開催（第59回日本生物物理学会年会）
Application of ColDock to docking of cryptic pockets

Ryunosuke Kiuchi, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao （木内龍之介、竹村和浩、北尾彰朗）

オンライン開催（第59回日本生物物理学会年会）
Molecular movie of protein association/dissociation dynamics（蛋白質結合解離ダイナミクスの分子動画）

北尾彰朗

オンライン開催（第59回日本生物物理学会年会【シンポジウム（原子レベルの動的構造解析が拓く生体分子機能の理解）】）
Characterization of the Intrinsically Disordered Region of FUS-LC protein involved in fibril formation with molecular dynamics simulations

Chan-Yao-Chong, M., Chan, J., Kumar, A., Sakuraba, S. and Kono, H.

第59回日本生物物理学会年会（口頭)
Sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping

Sunami, T. and Kono, H.

第59回日本生物物理学会年会（口頭)
Free energy profile of H2A-H2B dimer displacement from nucleosome

Ishida, H. and Kono, H.

第59回日本生物物理学会年会（口頭)
Implementation of residue level coarse-grained models in GENESIS.

Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, and Yuji Sugita

The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Sendai, Japan
生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング

松永康佑

第3回ピコバイオロジー研究会 (招待講演)
第4回ワークショップ「レア・イベント解析とデータ科学」

松永康佑

第4回ワークショップ「レア・イベント解析とデータ科学」 (招待講演)
生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング

松永康佑

統計物理と統計科学のセミナー (招待講演)
分子動力学シミュレーションによるNanobody結合過程の解析

相場洸輝, 根本直人, 松永康佑

第35回分子シミュレーション討論会
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loops by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering

Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga

第59回日本生物物理学会 (口頭発表)
Hidden Markov Modeling of Biomolecular Conformational Dynamics from Atomic Force Microscopy Time-Series Images

Tomonori Ogane, Yasuhiro Matsunaga

第59回日本生物物理学会 (口頭発表)
多剤排出トランスポーターMATEの分子動力学シミュレーション：イオンカップリング経路におけるカルボキシレートの役割

篠田恵子、川崎　寿

第94回日本生化学会年会（オンライン）
Involvement of conserved amino acids in ion transport pathways of multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transporter

K. Shinoda, H. Kawasaki, S. Murakami, S. Raturi, A. V. Nair, H. Singh, B. Bai, H. W. van Veen

第59回日本生物物理学会年会（オンライン）
転写開始点に特徴的な塩基配列を有するヌクレオソームのFRET解析

角南智子, 河野秀俊

量子生命科学会第3回大会(ポスター)
Molecular dynamics simulation of displacement of H2A-H2B from nucleosome

石田恒, 河野秀俊

量子生命科学会第3回大会(ポスター)
高速原子間力顕微鏡時系列データの隠れマルコフモデリング

大金智則, 松永康佑

日本物理学会2021年秋季大会 (口頭発表)
gREST法によるNanobody CDR H3ループ構造のサンプリング

東田連, 松永康佑

日本物理学会2021年秋季大会 (口頭発表)
VHH抗体の構造と熱安定性のモデリング

松永康佑

計算メディカルサイエンスワークショップ2021 (招待講演)
Benchmarking the free energy calculation of PaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran、畑　宏明、中矢　光、北尾彰朗

オンライン開催（第21回日本蛋白質科学会年会）
PPI-ColDock 法を用いた蛋白質‐ 蛋白質複合体形成 (Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock)

竹村和浩、北尾彰朗

オンライン開催（第21回日本蛋白質科学会年会）
Investigating the dissociation process and kinetic rates of DBD-p53/DNA complex by PaCS-MD and MSM

Marzouk　Mohamed Sobeh、北尾彰朗

オンライン開催（第21回日本蛋白質科学会年会）
ynamics of Close-Open State of CALB Obtained by Parallel Cascade Molecular Dynamics Simulation and The Markov State Model

Wijaya Tegar Nurwahyu、北尾彰朗

オンライン開催（第21回日本蛋白質科学会年会）
Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model によるタンパク質－タンパク質複合体の結合親和性評価 (Evaluation of binding affinity for protein-protein complexes by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model)

宮澤佳希、Tran Duy Phuoc、竹村和浩、北尾彰朗

オンライン開催（第21回日本蛋白質科学会年会）
Improvement and verification of the coarse-grained force field for protein disordered regions

Azuki Mizutani, Giovanni Brandani, Shoji Takada

第21回日本蛋白質科学学会年会
分子動力学シミュレーションによる蛋白質の動的構造と基質結合：分子混雑環境の影響とSARS-CoV-2スパイク蛋白質に関する計算

杉田有治

構造活性フォーラム2021
インシリコシミュレーションで探るタンパク質複合体の結合親和性とキネティックス

北尾彰朗

オンライン開催（日本薬学会構造活性相関部門構造活性フォーラム2021「次期スーパーコンピュータ「富岳」時代の計算創薬」）
Hidden Markov Modeling of Biomolecular Conformational Dynamics from Atomic Force Microscopy Time-Series Images

Tomonori Ogane, Yasuhiro Matsunaga

第21回日本蛋白質科学会 (ポスター)
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loops by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering

Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga

第21回日本蛋白質科学会 (ポスター)
MATEトランスポーターの分子動力学シミュレーション

篠田恵子、川崎　寿

第47回生体分子科学討論会（オンライン）
SARS-CoV-2 エンドリボヌクレアーゼのオリゴマー化阻害

北尾彰朗

オンライン開催（新学術領域「高速分子動画」Web セミナー「構造生物学・化学・計算科学を融合させたウイルス・パンデミックに対する取り組み」）
富岳を用いた新型コロナウイルス表面のスパイクタンパク質動的構造予測

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所生命機能科学研究センター、理化学研究所計算科学研究センター)

近畿化学協会コンピュータ化学部会, 2021年3月
新型コロナウイルス表面のタンパク質動的構造予測

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所生命機能科学研究センター、理化学研究所計算科学研究センター)

HPCIフォーラム, 2021年3月
膜蛋白質の分子動力学シミュレーション

篠田恵子(東京大学生物生産工学研究センター)

第5回新学術「高速分子動画」オンラインセミナー, 2021年2月
ヌクレオソームポテンシャルからクロマチンポテンシャル

河野秀俊(量子科学技術研究開発機構)

金沢大学異分野融合セミナー, 2021年2月
スーパーコンピュータが明らかにする蛋白質の動的構造と機能

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)

理研・東北大学連携シンポジウム「計測科学が拓く生命科学の新展開」, 2020年12月
薬剤分子の B 型肝炎ウイルスへの透過機構の探索

弦巻周平, 浦野諒, 藤本和士, 篠田渉(名大院工), 岡崎進(東大院新領域)

第34回分子シミュレーション討論会, 2020年12月
定量的粗視化力場SPICA のDNA モデルヘの拡張: 脂質ナノ粒子の構造予測

田中裕貴, 宮崎裕介, Akhil Pratap Singh, 篠田渉(名大院工)

第34回分子シミュレーション討論会, 2020年12月
New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems

Jaewoon Jung(RIKEN R-CCS, RIKEN CPR), 小林千草, Cheng Tan(RIKEN R-CCS), 笠原健人(RIKEN BDR), Michael Feig(Michigan State University), 杉田有治(RIKEN R-CCS, RIKEN CPR, RIKEN BDR)

第34回分子シミュレーション討論会, 2020年12月
光活性化アデニル酸シクラーゼの量子/古典ハイブリッド分子シミュレーション

田口真彦(量子科学技術研究開発機構), 櫻庭俊(量子科学技術研究開発機構), Chan Wai Soon(量子科学技術研究開発機構), 河野秀俊(量子科学技術研究開発機構)

量子生命科学会第2回大会, 2020年12月
Understanding the Dinucleosome Structural Dynamics at All Atom Resolution

Kumar, Amarjeet(QST), Matsumoto, Atsushi(QST), Kono, Hidetoshi(QST)

量子生命科学会第2回大会, 2020年12月
全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析

石田恒、河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)

量子生命科学会第2回大会, 2020年12月
計算機シミュレーションで細胞の中を観る

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)

京都大学MACSコロキアム, 2020年11月
相分離への計算科学的アプローチ

河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)

第6回蛋白質工学研究会ワークショップ, 2020年11月
新型コロナウイルス表面のタンパク質動的構造予測

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)

第9回JCAHPCセミナー, 2020年10月
All-atom molecular dynamics simulations of spike protein on the surface of SARS-CoV-2 in solution

Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research, RIKEN Center for Computational Science, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research)

RIKEN-NRC HPC Workshop, 2020年10月
中性子散乱データを活用した超分子のモデリング

河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)

CBI学会2020大会, 2020年10月
細胞環境はどのようにタンパク質の構造・ダイナミクス・機能に影響を与えるか？

杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)

CBI学会2020大会, 2020年10月
タンパク質─リガンド結合の自由エネルギー計算法の開発と応用

尾嶋拓(理化学研究所生命機能科学研究センター)

CBI学会2020大会, 2020年10月
コンピュータで体をつくる分子をみる

松永康佑(埼玉大学)

埼玉大学ハイグレード理数高校生育成プログラム(HiGEPS), 2020年9月
Kinetic rate evaluation for protein complexes by PaCS-MD/MSM

Yoshiki Miyazawa, Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
Investigating the dissociation process of DBD-p53/DNA complex by PaCS-MD and MSM

Sobeh Mohamed Marzouk, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
DNA binding mechanisms of the p53 C-terminal domain elucidated by MD simulation

Yuta Taira, Dun Tran Akio Kiao(Tokyo Institute of Technology)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
Molecular dynamics simulation of the diffusion of membrane proteins on vesicles

Diego Ugarte(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
Bayesian inference and Iterative Boltzmann approach to coarse-grained local potential of disordered proteins

Azuki Mizutani(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)

第58回日本生物物理学会年会, 2020年9月
計測とシミュレーションを統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング

松永康佑(埼玉大学)

第93回日本生化学会大会, 2020年9月
Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock

Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月
Simulating the association/dissociation process of flexible protein complexes

Tran P. Duy, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月
Protein-protein complex dissociation simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics

Yoshiki Miyazawa, Dun P. Tran, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月
Infinite-swap limit in generalized replica exchange with solute tempering

Hiroaki Nakayama(Saitama University), Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月
Bayesian analysis of high-speed atomic force microscopy images towards integrative modeling of biomolecular dynamics

Tomonori Ogane(Saitama University), Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月
Coarse-grained local potential for disordered proteins optimized via Bayesian inference

Azuki Mizutani(Kyoto University), Giovanni Brandani(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)

第20回日本蛋白質科学学会年会, 2020年7月

国際会議・シンポジウム

Residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

Multi-scale simulations of large biological systems on Fugaku

Changes in peptide stability by increasing protein-water interactions

Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution

Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biomolecular Self-Assembly: Membranes, Vesicles, Lipid Nanoparticles, Virus Capsids

Transport mechanisms of ions, peptides and proteins through the biological membrane

How macromolecular crowding environments affect protein-ligand binding kinetics and thermodynamics

Molecular mechanisms for conformational changes and chemical reactions in the Ca2+-ATPase

Roles of hydration/dehydration for dissociation, association and stabilization of protein complexes

Conformational dynamics and association of intrinsically disordered proteins (IDPs) using molecular dynamics simulations

Parallel computing algorithms in molecular dynamics simulations for extremely large-scale biological systems

High Efficient Sampling of Proteins via Adaptive Multiscale Simulations

Binding free energy calculation with dPaCS-MD/MSM

Observing biomolecules through a lens of computer simulation

Mechanisms for conformational changes of proteins upon ligand bindings

Procedures to obtain reliable free-energy profiles of conformational changes in membrane transporters

Atomic mechanism of the complete association of intrinsically disordered peptide to protein

Predicting the complex conformations of protein/intrinsically disordered peptide complexes using a method termed a/dPaCS-MD

Simulated dissociation/association dynamics between proteins and other molecules

Conformational flexibility and stability of SARS-CoV-2 spike protein in solution

Diverse nucleosome dynamics revealed by molecular dynamics simulations

Replica-exchange simulations on the conformational dynamics of spike protein on the surface of SARS-CoV-2

Intrinsic Conformational Flexibility of SARS-CoV-2 Spike Protein Simulated on Fugaku

Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model

Nucleosome and transcription factor dynamics

Multi-scale MD simulations using GENESIS on Fugaku

Integrative modeling of protein dynamics from experimental data and molecular dynamics simulations

Integrative modeling of protein dynamics from single-molecule experiments and molecular dynamics simulations

Use of enhanced conformational sampling for the analysis of protein-ligand binding processes

国内学会・シンポジウム

Modeling Protein Complexes by Integrated Approach

Catalytic enhancement of NSD2 following oncogenic mutations E1099K and T1150A is caused by increase in the auto-inhibitory loop dynamics

In situ Analysis of Protein Dynamics with All atom Cytoplasm Simulations

細胞膜脂肪酸組成が大腸菌の Na+/H+ アンチポーター活性に与える影響

エンドツーエンドで微分可能なトラジェクトリ解析ツールの開発

高速原子間力顕微鏡の探針形状推定法の開発

自由エネルギー摂動法によるVHH抗体配列の最適化

分子動力学シミュレーションを活用したNanobody-抗原複合体のアンサンブルドッキング

大腸菌膜に埋め込まれた多剤排出トランスポーターAcrA-AcrB-AcrZ-TolC 複合体のMDシミュレーション

生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門

生体膜・脂質膜の分子シミュレーション

生体高分子自己集合系の分子シミュレーション

粗視化力場 pSPICA による抗菌ペプチドの細菌膜選択性の解明

全原子分子動力学計算による PMMA の溶剤破壊の分子論

分子動力学法を用いたエタノール混合によるベシクル構造転移機構の解明

生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション

生体高分子集合系の分子シミュレーション

生体分子集合系の粗視化分子シミュレーション

Computational approach to structural dynamics and functions of SMC proteins

B型肝炎ウイルスのカプシド含有エンベロープの分子モデリングとシミュレーション

全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊の分子論

エタノール混合によるベシクル構造転移:マルチラメラ形成機構

分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明

B型肝炎ウイルスのエンベロープのモデリングとシミュレーション

Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock

Coarse-grained molecular simulations on oligomerization and condensate formation of transcription factor Nanog

Molecular dynamics simulation of loop capturing during cohesin-mediated DNA loop extrusion mechanism

Computational approach to structures and dynamic functions of SMC proteins that organize genome folding

Development of Trajectory Analyzer for Cellular-Scale Molecular Dynamics Simulations

DNA bending enhances the dissociation of tetrameric p53’s coredomains

Application of ColDock to docking of cryptic pockets

Molecular movie of protein association/dissociation dynamics（蛋白質結合解離ダイナミクスの分子動画）

Characterization of the Intrinsically Disordered Region of FUS-LC protein involved in fibril formation with molecular dynamics simulations

Sequence dependence of nucleosomal DNA unwrapping

Free energy profile of H2A-H2B dimer displacement from nucleosome

Implementation of residue level coarse-grained models in GENESIS.

生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング

第4回ワークショップ「レア・イベント解析とデータ科学」

生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング

分子動力学シミュレーションによるNanobody結合過程の解析

Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loops by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering

Hidden Markov Modeling of Biomolecular Conformational Dynamics from Atomic Force Microscopy Time-Series Images

多剤排出トランスポーターMATEの分子動力学シミュレーション：イオンカップリング経路におけるカルボキシレートの役割

Involvement of conserved amino acids in ion transport pathways of multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transporter

転写開始点に特徴的な塩基配列を有するヌクレオソームのFRET解析

Molecular dynamics simulation of displacement of H2A-H2B from nucleosome

高速原子間力顕微鏡時系列データの隠れマルコフモデリング

gREST法によるNanobody CDR H3ループ構造のサンプリング

VHH抗体の構造と熱安定性のモデリング

新型コロナウイルス表面のタンパク質動的構造予測