国際会議・シンポジウム

  • Conformational flexibility and stability of SARS-CoV-2 spike protein in solution

    Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research)
  • Diverse nucleosome dynamics revealed by molecular dynamics simulations

    Shoji Takada(Kyoto University)
  • Replica-exchange simulations on the conformational dynamics of spike protein on the surface of SARS-CoV-2

    Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)
  • Intrinsic Conformational Flexibility of SARS-CoV-2 Spike Protein Simulated on Fugaku

    Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)
  • Computer simulations of biomacromolecular self-assembly using the SPICA coarse-grained model

    Wataru Shinoda(Nagoya University)
  • Nucleosome and transcription factor dynamics

    Shoji Takada(Kyoto University)
  • Multi-scale MD simulations using GENESIS on Fugaku

    Yuji Sugita(RIKEN CPR, RIKEN BDR, RIKEN R-CCS)
  • Integrative modeling of protein dynamics from experimental data and molecular dynamics simulations

    Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)
  • Integrative modeling of protein dynamics from single-molecule experiments and molecular dynamics simulations

    Yasuhiro Matsunaga(Saitama University), Tomonori Ogane(Saitama University)
  • Use of enhanced conformational sampling for the analysis of protein-ligand binding processes

    Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research, RIKEN Center for Computational Science, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research)

国内学会・シンポジウム

  • 富岳を用いた新型コロナウイルス表面のスパイクタンパク質動的構造予測

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所生命機能科学研究センター、理化学研究所計算科学研究センター)
  • 新型コロナウイルス表面のタンパク質動的構造予測

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所生命機能科学研究センター、理化学研究所計算科学研究センター)
  • 膜蛋白質の分子動力学シミュレーション

    篠田恵子(東京大学生物生産工学研究センター)
  • ヌクレオソームポテンシャルからクロマチンポテンシャル

    河野秀俊(量子科学技術研究開発機構)
  • スーパーコンピュータが明らかにする蛋白質の動的構造と機能

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)
  • 薬剤分子の B 型肝炎ウイルスへの透過機構の探索

    弦巻周平, 浦野諒, 藤本和士, 篠田渉(名大院工), 岡崎進(東大院新領域)
  • 定量的粗視化力場SPICA のDNA モデルヘの拡張: 脂質ナノ粒子の構造予測

    田中裕貴, 宮崎裕介, Akhil Pratap Singh, 篠田渉(名大院工)
  • New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems

    Jaewoon Jung(RIKEN R-CCS, RIKEN CPR), 小林千草, Cheng Tan(RIKEN R-CCS), 笠原健人(RIKEN BDR), Michael Feig(Michigan State University), 杉田有治(RIKEN R-CCS, RIKEN CPR, RIKEN BDR)
  • 光活性化アデニル酸シクラーゼの量子/古典ハイブリッド分子シミュレーション

    田口真彦(量子科学技術研究開発機構), 櫻庭俊(量子科学技術研究開発機構), Chan Wai Soon(量子科学技術研究開発機構), 河野秀俊(量子科学技術研究開発機構)
  • Understanding the Dinucleosome Structural Dynamics at All Atom Resolution

    Kumar, Amarjeet(QST), Matsumoto, Atsushi(QST), Kono, Hidetoshi(QST)
  • 全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析

    石田恒、河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)
  • 計算機シミュレーションで細胞の中を観る

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)
  • 相分離への計算科学的アプローチ

    河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)
  • 新型コロナウイルス 表面のタンパク質動的構造予測

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)
  • All-atom molecular dynamics simulations of spike protein on the surface of SARS-CoV-2 in solution

    Yuji Sugita(RIKEN Cluster for Pioneering Research, RIKEN Center for Computational Science, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research)
  • 中性子散乱データを活用した超分子のモデリング

    河野秀俊(量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域)
  • 細胞環境はどのようにタンパク質の構造・ダイナミクス・機能に影響を与えるか?

    杉田有治(理化学研究所開拓研究本部、理化学研究所計算科学研究センター、理化学研究所生命機能科学研究センター)
  • タンパク質─リガンド結合の自由エネルギー計算法の開発と応用

    尾嶋拓(理化学研究所生命機能科学研究センター)
  • コンピュータで体をつくる分子をみる

    松永康佑(埼玉大学)
  • Kinetic rate evaluation for protein complexes by PaCS-MD/MSM

    Yoshiki Miyazawa, Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)
  • Investigating the dissociation process of DBD-p53/DNA complex by PaCS-MD and MSM

    Sobeh Mohamed Marzouk, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)
  • DNA binding mechanisms of the p53 C-terminal domain elucidated by MD simulation

    Yuta Taira, Dun Tran Akio Kiao(Tokyo Institute of Technology)
  • Molecular dynamics simulation of the diffusion of membrane proteins on vesicles

    Diego Ugarte(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)
  • Bayesian inference and Iterative Boltzmann approach to coarse-grained local potential of disordered proteins

    Azuki Mizutani(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)
  • 計測とシミュレーションを統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング

    松永康佑(埼玉大学)
  • Unguided Binding MD of Protein-Protein Complexes by PPI-ColDock

    Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)
  • Simulating the association/dissociation process of flexible protein complexes

    Tran P. Duy, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)
  • Protein-protein complex dissociation simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics

    Yoshiki Miyazawa, Dun P. Tran, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao(Tokyo Institute of Technology)
  • Infinite-swap limit in generalized replica exchange with solute tempering

    Hiroaki Nakayama(Saitama University), Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)
  • Bayesian analysis of high-speed atomic force microscopy images towards integrative modeling of biomolecular dynamics

    Tomonori Ogane(Saitama University), Yasuhiro Matsunaga(Saitama University)
  • Coarse-grained local potential for disordered proteins optimized via Bayesian inference

    Azuki Mizutani(Kyoto University), Giovanni Brandani(Kyoto University), Shoji Takada(Kyoto University)