構成員

研究員 信夫 愛

学歴

2015年 ヘブライ大学(イスラエル国) 博士課程 修了(博士 (理学))
2009年 ヘブライ大学(イスラエル国) 修士課程 修了
2006年 ヘブライ大学(イスラエル国) 卒業

研究・教育歴

2018年-現在 理化学研究所 計算科学研究センター 特別研究員
2017年-2018年 東京工業大学生命理工学院 研究員
2017年-2018年 東京大学分子細胞生物学研究所 研究員
2016年 ヘブライ大学(イスラエル国)研究員

所属学会

日本生物物理学会、日本蛋白質科学会

研究テーマ

粗視化モデルの開発

出版物

  1. evERdock BAI: machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure. Kei Terayama*, Ai Shinobu*, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, and Akio Kitao
  2. Building a macro-mixing dual‑basin Gō model using the Multistate Bennett Acceptance Ratio. Ai Shinobu, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, and Yuji Sugita
  3. Essential ion binding residues for Na+ flow in stator complex of the Vibrio flagellar motor. Yasuhiro Onoue*, Masayo Iwaki*, Ai Shinobu*, Yasutaka Nishihara, Hiroto Iwatsuki, Hiroyuki Terashima, Akio Kitao, Hideki Kandori, and Mchio Homma
  4. Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein complex models achieved by MD optimization and use of multiple conformations. Ai Shinobu, Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayashi, and Akio Kitao
  5. Proton Wire Dynamics in the Green Fluorescent Protein. Ai Shinobu and Noam Agmon
  6. The Hole in the Barrel: Water Exchange at the GFP Chromophore. Ai Shinobu and Noam Agmon
  7. Visualizing Proton Antenna in a High-Resolution Green Fluorescent Protein Structure. Ai Shinobu, Gottfried J. Palm, Abraham J. Schierbeek, and Noam Agmon
  8. Mapping Proton Wires in Proteins: Carbonic Anhydrase and GFP Chromophore Biosynthesis. Ai Shinobu and Noam Agmon