PIからのメッセージ

この研究チームでは、計算化学の手法を用いて細胞内での生体分子機能、特に細胞内信号伝達に関わる蛋白質の機能の理解を目指します。我々はそのために、溶液中あるいは分子混雑環境中での蛋白質・基質あるいは蛋白質間相互作用と結合過程の理解と予測に取り組みます。

分子結合の過程は一般に、全原子分子動力学シミュレーションで計算可能な時間スケールよりも遅いため、新しい計算手法の開発が必要です。拡張アンサンブル法などの効率の良い計算手法や自由エネルギー計算法などを開発し、ソフトウェアGENESIS(GENeralized-Ensemble SImulation System)に導入してきました。このソフトウェアは、理研計算科学研究センター生物物理研究チームと理研開拓研究本部杉田理論分子科学研究室と共同で開発しています。多くの自由エネルギー計算法は生体分子機能の理解と予測に役立つだけでなく、インシリコ創薬に直接応用が可能です。GENESISはフリーソフトウェアとして開発を続けており、開発した新しい計算手法を大学・研究機関だけでなく産業界も含めた多くの研究者に利用していただき、この分野の発展に貢献していきたいと考えています。

プロジェクトリーダー 杉田 有治
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